一般情况下，冻榴莲还有营养价值，但与新鲜的榴莲相比营养价值会有所流失。
新鲜的榴莲其中富含水分、蛋白质、脂肪等营养物质，适量食用可以补充身体内水分，还能为摄入者提供能量。榴莲不能一次性吃完的情况下，可以冷冻存储，一般还具有相应的营养价值，但可能部分营养会流失。如维生素E、维生素C等维生素成分，可能在储存的过程中会逐渐被破坏，冷冻后榴莲独特的香味也会有所挥发，使风味有所下降。
建议榴莲冷冻时间不宜过长，可能会导致其失去应有的营养价值。建议冷冻过的榴莲拿出来不能马上吃，可以放置在空气中半小时再食用，以减少对肠胃的刺激，以免引起腹痛、腹泻等肠胃不适情况。
