一般情况下，怀孕三个月臀部两侧疼可能是生理性因素导致，也可能是肌肉劳损、缺钙等病理性因素导致的。具体分析如下：
一、生理性因素。
孕三个月臀部两侧疼痛可能是体内激素水平明显地升高，导致局部肌肉发生松弛造成的。属于正常的生理现象，一般不需要特殊治疗。
二、病理性因素
1、肌肉劳损
可能是长期久坐、做弯腰动作或伏案工作，导致两侧臀部肌张力升高，筋膜长时间处于紧张状态引起的。可以使用热毛巾对局部热敷，能够促进血液循环，改善不适症状。
2、缺钙
可能是胎儿生长发育速度比较快，对钙需求量比较高，如果孕妇没有及时补充钙质，可能会导致肌肉神经兴奋性升高，引起臀部两侧疼的现象。可以遵医嘱使用葡萄糖酸钙口服溶液、碳酸钙颗粒、乳酸钙片等药物进行改善。
除此以外，还可能是梨状肌综合征、坐骨神经痛、腰椎间盘突出症等导致的。建议及时就诊，明确诊断后采取针对性的处理。
