吸奶器每次用了都需要清洗消毒，以免长时间霉菌或细菌感染，导致婴儿食用后腹泻或不适。
吸奶器在使用后应该尽快清洗，需要把吸奶器彻底拆卸，用清水冲洗掉奶液，然后用洗洁精和热水把所有部位彻底刷洗干净。至少用热水冲洗两次或两次以上，冲洗干净，然后将瓶子和容器放在干净的厨房纸巾或者干净的毛巾上，等风干。在装起来之前，确保瓶子和容器已经完全晾干了。如果是可以耐高温的、注明可以用洗碗机清洗的吸奶器，可以完全拆卸后，放入洗碗机清洗。
吸奶前可以适当按摩或热敷乳房，从而使乳腺扩张，使乳汁顺利吸出。吸奶后要再次清洁乳房，还可以用防溢乳垫保持乳房的清洁和干爽，使用吸奶器时，要掌握适当的节奏。若感到乳头疼痛或吸不出乳汁时，不要强行使用吸奶器。
