巧克力囊肿50mm是否严重需要根据症状决定。具体分析如下:
1、不严重
巧克力囊肿50mm如果没有进一步增长，患者没有表现出明显不适症状，一般属于良性的，不需要特殊处理，只需要定期到医院复查即可，是不严重的。
2、严重
如果巧克力囊肿持续增大，对周围组织浸润或压迫神经，出现腹痛、性交疼痛、阴道不规则出血、腹泻等不适症状，可能是发生恶变。随着病情发展，可能会对生命造成威胁，所以是比较严重的。
出现巧克力囊肿要定期到医院复查，随时关注囊肿大小变化，如果增长速度比较快，要及时干预，避免发生恶变。
