口腔溃疡疼痛明显影响进食和语言，治疗方针以消除病因、增强体质、对症治疗为主。治疗方法应坚持全身治疗和局部治疗相结合，中西医治疗相结合，生理和心理治疗相结合。可以口服维生素B、C，可以增进机体抵抗力，有助于溃疡愈合，疼痛明显、溃疡较多、间歇期较短的，可使用左旋咪唑、转移因子或胸腺素等免疫调节药物治疗。
也可使用糖皮质激素，如强的松治疗，药物治疗用5%金霉素、鱼肝油糊剂、1%氢化可的松或强的松糊剂，中成药如冰硼散、锡类散、养阴生津散等药，防止继发感染。对于大而深并且长期不愈合的溃疡，应该警惕癌肿的可能性，需要做活检，明确诊断。
