幽门螺旋杆菌四联疗法的副作用，主要是这四种药物所引起的副作用。使用两种抗生素会引起过敏的反应，比如出现皮疹、荨麻疹。会出现胃肠的反应，比如胃胀、胃痛或者消化不良、食欲不振，还会出现神经功能的症状，如头晕、头痛、恶心或者嗜睡等情况。还可能会导致血液性疾病，比如粒细胞减少。如果吃些铋剂，可能会大便黑色。质子泵抑制剂，偶也会导致胃肠功能不适等情况。
