孕酮低主要有3个原因：1、内分泌失调，内分泌失调会导致女性出现孕酮低的症状，比如肾上腺、甲状腺功能严重失调，会影响卵巢功能，排卵会受到影响，影响卵巢分泌孕激素，进而出现孕酮低的症状。另外还会导致女性排卵发生障碍，受孕受到阻碍和影响。
2、黄体功能不全，如果黄体的功能不完整的话，卵巢黄体发育不全时，孕酮含量相应降低。
3、子宫异常，子宫异常会导致女性孕酮值低，比如女性曾经受过一些伤害，导致子宫出现异常，比如先兆流产、宫外孕、早产、闭经、不孕症等，这些情况也会直接引起孕酮比较低的现象。如果是孕早期出现孕酮低，可能是胚胎染色体异常引起的。
4、内分泌系统方面的疾病，比如甲状腺功能低下，还有其他的一些内分泌疾病，影响垂体内分泌的调节性腺轴，也会导致孕酮水平的下降。
