宫腔镜取胚术存在的危害主要有几点：首先，如果不够正规，手术消毒不严格，把细菌带进宫腔就可能引发手术感染，继而引起各种并发症，甚至不孕症。
其次，可能会出现闭经的现象，主要原因是子宫内膜基底层受到损害，假如子宫内膜基底层全部受损就会导致永久性的闭经，假如部分受损可能会出现暂时性的闭经。有很多女性朋友由于工作原因在宫腔镜取胚后就直接上班了，这样对身体伤害是很大的。
宫腔镜取胚后，受创伤的子宫需要一段时间的修复，子宫内膜被剥脱以后也需要时间重新增生、愈合。假如恢复的时间里不能好好休息，就会影响子宫的恢复，从而延长手术后阴道出血时间。出血时间长，很容易发生感染和失血性贫血，甚至可能因此而引发盆腔炎、阴道炎等妇科炎症。
