打了九价HPV疫苗第三针后手臂一直很痛，可能是生理因素导致的，也可能是病理因素导致的，如臂丛神经损伤、肱骨外上髁炎等。具体情况分析如下：
一、生理因素
九价HPV疫苗主要是为了预防HPV感染所导致的宫颈癌疾病，患者打了九价HPV疫苗第三针后手臂一直很痛，可能是注射部位出现皮损导致的，属于正常生理情况，一般通过保持个人清洁卫生的方式便可缓解。
二、病理因素
1、臂丛神经损伤
臂丛神经损伤可能是手臂部位的神经丛，受到外力强烈撞击所引起的，当脊髓神经根牵拉手臂部位神经后，可能产生上述症状。可以遵医嘱使用阿司匹林肠溶片、塞来昔布胶囊等药物。
2、肱骨外上髁炎
肱骨外上髁炎可能是年龄因素、职业因素等引起的疾病，患者前臂伸肌肌腱部位会出现慢性损伤情况，从而产生该症状，可以遵医嘱使用布洛芬乳膏、双氯芬酸二乙胺乳胶剂等药物进行治疗。
除此之外，还可能是肘管综合征、骨关节炎、系统性红斑狼疮等导致的。建议在进行治疗期间，不要参与剧烈的体育活动。
