一般情况下，乙肝干扰素打了三个月停药的后果主要有乙肝病毒复制增加、疗效降低、病情加重等。具体分析如下：
1、乙肝病毒复制增加
如果乙肝患者在使用干扰素治疗期间停药，会使得乙肝病毒有可能重新开始复制。停药后的一段时间内，免疫系统可能还未完全恢复，这时候病毒复制的可能性会更高。此外，如果干扰素的使用时间过短或用量不足，可能会导致病毒无法完全被清除，停药后病毒复制的风险也会增加。
2、疗效降低
如果停药，乙肝病毒很可能会再次开始复制。停药后，机体免疫系统的抵抗力可能会下降，无法继续有效地清除病毒。此外，病毒在体内存在的时间越长，对免疫系统的抑制作用就越强，使得治疗难度增加。
3、病情加重
干扰素的治疗作用是通过激活免疫系统抑制乙肝病毒的复制，而乙肝病毒是一种具有高度变异性的病毒，可以快速地适应和抵抗干扰素的作用，进而恢复自身的复制活性。因此，一旦停止干扰素治疗，乙肝病毒就会重新开始复制，导致病情加重。
除此之外，患者还可能会出现免疫力下降的情况。患者在接受干扰素治疗期间，应该严格按照医生的要求进行用药，不要自行停药，以免影响疗效并导致病情加重。
