先天性心脏病不是遗传性疾病，但有一定的遗传倾向。
先天性心脏病是先天性畸形中最常见的一类，约占各种先天畸形的28%。5%先心病患者发生于同一家族，其病种相同或近似，可能由于基因异常或染色体畸变所致。
先天性心脏病包括遗传因素和非遗传因素，基因的影响相对较大，一般是因为单一基因的遗传缺陷，多基因的遗传缺陷，或者是先天性代谢缺陷等因素所导致的。因此，患有先天性心脏病的病人，下一代也很有可能患上先天性心脏病。非遗传因素，可能是在怀孕期间接触了对身体有害的物质所造成，如放射线、X线等。或者是在孕期服用了致畸形的药物所致。还有可能是在孕期，因为子宫内有病毒感染等原因引起，类似这些原因导致的先天性心脏病，则不会遗传。
先天性心脏病的发病原因很少，所以要加强对孕妇的健康管理，尤其是在怀孕初期要注意预防风疹、流感等风疹病毒性疾病。平时应多吃蔬菜，补充维生素，避免过早使用药物，定期进行产前检查，进行糖耐量筛查等。
