溃疡性结肠炎的治疗目标是诱导并维持临床缓解以及粘膜愈合，防治并发症，改善患者生存质量，还要加强患者的长期管理，包括用药与精神心理的管理。
溃疡性结肠炎首先还是药物治疗为主，所用的药物包括氨基水杨酸类、糖皮质激素、免疫抑制剂以及生物制剂，这些药物的使用一般遵循升阶梯的方案，也就是在前一种药物无效的情况下考虑使用后一种药物。
大部分患者使用氨基水杨酸类药物即可达到疾病的缓解，但一定注意要在医生的指导下用药，一定不要自行减量或者是停药，这样很容易造成病情的复发。现在最常用的氨基水杨酸类药物就是美沙拉嗪，还有柳氮磺吡啶、奥沙拉秦，因为这两种药物相对来说副作用大现在已经很少使用了。
