事后紧急避孕药一般都是浓度较高的雌孕激素合剂，使用之后可以会引起月经紊乱、月经量过多、阴道不规则流血、乳房胀痛、头痛以及远期的影响。女性本身的月经以及子宫内膜的厚度都是受激素控制的，如果在排卵期发生性生活，需要紧急避孕，在口服避孕药之后，除了达到避孕的效果之外，过高的激素水平还会有可能影响子宫内膜的厚度。
当激素水平被体内代谢之后，激素水平逐渐下降，可以出现激素撤退性出血。另外，如果平时月经就是不规律的女性，口服紧急避孕药之后，有可能引起月经推迟甚至短时间的闭经，孕激素水平变化有可能引起女性乳房胀痛、头痛等。
