内镜检查是一种侵袭性操作，病人有一定的痛苦，有一些病人不能耐受，或者高龄的病人容易诱发心血管疾病的发生，有一定的危险性，而且还有可能由于病人不能耐受终止肠镜检查。
由于结直肠管在检查时可能出现皱缩，因此内窥镜所见肿物远侧距离肛缘距离可能存在误差。
不过，现在有无痛肠镜检查，病人睡觉后无任何痛苦就能完成，肠镜检查的最大好处是直观、准确发现病变，特别是早期病变取组织后进行病历检查，明确诊断。
影像学检查的最大优点是发现病变的位置准确、病人痛苦小、危险性小、检查时间短，缺点是间接诊断，也不能明确病变的性质。
