39岁来月经黑色可能是生理现象，但也可能是病理现象引起的，如内分泌失调、子宫内膜炎，要注意经期卫生，检查原因治疗。
一、生理现象
刚来月经时由于月经量比较少，在阴道内停留时间较久，受到阴道内酸碱环境影响和氧化，导致月经颜色发黑。
二、病理现象
1、内分泌失调
多种原因引起女性内分泌失调，导致卵巢功能紊乱，子宫内膜脱落延迟，从而出现月经发黑现象。
2、子宫内膜炎
患子宫内膜炎后由于宫腔内有炎症反复刺激子宫内膜,经血中含有炎性刺激物,从而导致月经血黑。
另外也可能是子宫肌瘤等疾病引起的，建议注意经期卫生，不吃生冷食物，及时完善妇科检查后调理。
