通常情况下，16岁女孩3个月不来月经不正常，应及时就医检查。具体分析如下：
月经是女孩生殖系统的一个重要指标，通常以每个月一次的周期性出血为特征。青春期时期月经可能会不稳定，初潮前几年可能会经历不规律的周期。这是正常现象，但长达3个月的间隔是不寻常的。可能的原因包括激素水平不稳定，身体还在适应月经周期的变化。其次，极端的体重变化和不健康的饮食习惯也会影响月经。营养不足或者极端的减肥可能会干扰卵巢功能，导致月经停止或不规律。另外，特定疾病或疾病的治疗也可能对月经产生影响。例如，多囊卵巢综合征可能导致月经不规律或停止。
建议女孩及时就医，咨询医生以寻求进一步评估和治疗，确保身体健康，排除任何潜在的健康问题。
