蹲厕所起身膝盖疼可能是生理原因导致的，也可能是劳损、类风湿性关节炎等病理原因引起的，可根据诱因予以一般治疗、药物治疗。具体分析如下：
一、生理原因
如果蹲厕所的时间较长，可能会使膝关节周围的神经、血管受到压迫，致使上述情况出现。一般在适当活动后可逐步得到缓解。
二、病理原因
1、劳损
若在日常中经常登山或蹲起，可能会使患者半月板、肌肉、韧带等出现损伤，表现出上述症状。针对这一情况，建议患者在医生指导下使用塞来昔布胶囊、洛索洛芬钠片等予以治疗。
2、类风湿性关节炎
类风湿性关节炎是以侵蚀性关节炎为主要症状的自身免疫病，如果患有该疾病，可能会在炎症影响下出现上述不适。对此，患者可遵医嘱选择吲哚美辛片、甲氨蝶呤片等帮助缓解。
除此之外，该情况还可能是髌股关节炎、半月板损伤、滑膜炎、痛风性关节炎、化脓性关节炎等原因造成的。建议患者积极就诊，明确具体病因，并进行针对性治疗。
