性别认知障碍指的是在心理上不能认同自己的性别，认为自己应该是另一个性别。
性别认知障碍可能是因为大脑皮质受到破坏、子宫内发育时期激素异常，或者过度分离焦虑，以及第二性征发育不良等因素导致。在儿童时期，一般会出现表达对另一个性别的渴望，或者坚持认为自己是另一个性别，同时喜欢异性的服装或者玩具，游戏等，会对自己的生殖器感到厌恶。在青少年时期时会对自己身体产生或者增加厌恶感，会出现进行手术或者药物治疗的强烈渴望。在成人时期时会表现为强烈的意愿想要改变自己的生理性别以及身份，喜欢模仿异性的表情、姿势、声调等，同时有可能会自己服用可以导致体态发生变化的药物，甚至做手术改变性格。
