基底动脉开窗畸形头晕通常是先天发育异常、颈椎病、高血压等原因引起的，需根据具体病因进行针对性治疗。具体分析如下：
1、先天发育异常
基底动脉开窗畸形属于先天性的血管发育异常，患者会出现头晕、恶心等不适症状，如果症状轻微，应该注意多休息，如果比较严重，应该在医生的指导下服用天丹通络胶囊、脑心通胶囊等药物来改善症状。
2、颈椎病
颈椎病发生时，会刺激和压迫周围的神经和血管，导致脑供血不足，从而引起基底动脉开窗畸形，患者会出现头晕、头痛、上肢麻木等症状。通常建议在医生的指导下服用迈之灵片、谷维素片等药物来进行治疗。
3、高血压
血压升高时，血流加快，也会影响脑部供血，导致基底动脉开窗畸形，伴有头晕、头胀、心跳加快等症状。患者应该在医生的指导下服用硝苯地平控释片、沙库巴曲缬沙坦钠片等药物来进行治疗。
除上述常见原因外，还有可能是其他因素所致，比如脑梗死、脑出血、颅脑肿瘤等，患者此时应该及时告知医生，并及时治疗，以免耽误病情。
