月经干净两天同房出血，可能是由以下几个原因引起的：
第一、在临床上要求在月经彻底干净三天以后再同房，月经干净两天有可能宫腔内仍然残留少量血液，此时同房引起宫缩，从而导致出血。
第二、宫颈病变，例如中度或者重度宫颈糜烂、宫颈上皮内瘤变、宫颈癌等，也可以引起同房后出血。
第三、盆腔炎症，例如子宫内膜炎也容易引起同房出血。
所以，如果出现同房出血的情况，建议患者及时去医院就诊，查明原因后再对症处理，以免贻误病情。
