头皮上有两个扁疙瘩可能是毛囊炎、脂溢性皮炎、皮脂腺囊肿等原因引起，需根据不同病因针对性治疗。具体分析如下：
1、毛囊炎
毛囊炎主要是由细菌感染毛囊引起的炎症反应，当毛囊炎发生在头皮皮肤上时，毛囊周围可能会出现红色丘疹或脓疱。可以在医生的指导下外用莫匹罗星软膏、红霉素软膏等药物进行缓解。
2、脂溢性皮炎
脂溢性皮炎常会出现在皮脂腺分泌丰富的部位，如头皮、面部等，发生脂溢性皮炎后，可导致患处出现红色的丘疹，还可出现瘙痒等不适症状。可以遵医嘱服用氯雷他定片、盐酸西替利嗪片等药物进行缓解。
3、皮脂腺囊肿
头皮的皮脂腺导管堵塞会导致皮脂腺囊肿，多发生于头皮、面部，可引发头皮上出现肿块的现象。可以通过手术进行切除。
除以上相对常见原因外，还可能是其他原因导致的，如痤疮、接触性皮炎、疱疹等。如有不适症状，应该及时就医进行检查，及时进行治疗，以免耽误病情。
