羊肚菌具有高蛋白，低脂肪的特点，营养和药用价值都很高，但日常并非人人都适宜吃羊肚菌，如以下人群是不宜吃羊肚菌的。
羊肚菌作为一种珍贵的可食用菌类，大部分的人群都可以食用，但是又由于它是发物的一种，其中携带有一些易致敏物，有小部分易过敏体质的人群食用之后会诱发过敏反应，产生皮肤红肿、长荨麻疹、瘙痒等不适，因此建议易过敏体质者最好慎吃羊肚菌。
羊肚菌中膳食纤维丰富，100克可食用的部分含有7%左右的粗纤维，膳食纤维有促进肠胃蠕动，改善便秘的作用，但是却很难消化，需要在胃中后停留很长一段时间才能消化完全，对于本身脾胃虚弱，消化不好的人来说，吃羊肚菌会加重其肠胃负担，所以不宜食用。
羊肚菌是动风食物，能够引发旧疾，《随息居饮食谱》中是这样提到菌类食物：“痧痘后，产后，病后忌之，性能动风故也”，所以患有顽固性皮肤瘙痒的人，不宜食用羊肚菌否则会导致病情加重或诱发旧疾。
羊肚菌中含有含有大量的维生素、纤维素、蛋白质、多糖、氨基酸成分，适量食用具有降血糖、提高免疫、促进食欲、润肠通便的作用，但对于腹泻便溏者来说，过量食用容易加重其病情，不利于身体康复。
女性在怀孕后可以适量的吃羊肚菌。
羊肚菌营养丰富，里面含有丰富的蛋白质、氨基酸和维生素等，女性食用后可以起到提高自身免疫力、增加营养、美白养颜等功效。
但要注意羊肚菌是一种真菌类食物，富含膳食纤维，而且菌类食物宜藏污、腐坏，如过量食用或吃的食物不新鲜，容易导致腹泻、腹痛等胃肠道不适应的情况，女性在怀孕后吃的食物尽量要新鲜、清洁、卫生才行。
如小孩过量食用反季节栽培的羊肚菌有可能会引起早熟现象。
野生的羊肚菌在每年的3-5月份上市，但随着其价格的升高，大棚种植的羊肚菌也会在反季节售卖，而这些反季节的羊肚菌不但味道不好，几乎都是在“促生长剂”的协助下才反季或提早成熟，小孩食用后存在激素残留的问题，对正处于生长发育期的孩子危害较为严重，如经常进食可使孩子发育异常、早熟，影响终身健康。
