大部分人群长期吃红菜头一般并不会产生副作用，同时由于其中含有大量的维生素、氨基酸以及糖分，能够为人体补充必要的营养成分，促进人体免疫力提高，减少疾病发生的几率。红菜头中含有的膳食纤维则能够在一定程度上促进肠胃蠕动，长期吃还能够对便秘情况进行缓解。
如果患者本身的血糖水平较高或者是患有糖尿病，通常不建议长期食用，因为红菜头中含有的糖分较高，长期食用会对自身的血糖水平造成影响，不利于血糖稳定，严重可能会造成糖尿病产生或是使糖尿病的症状进一步加重。
另外，自身肠胃相对较为脆弱的患者也不建议长期吃红菜头，红菜头在体内完成分解时会产生一定量的胆碱，胆碱能够对胃肠道造成刺激，加重胃肠负担，导致胃胀、胃痛等症状产生。
